Autoria de: Saulo Braga Estumano
Orientação de: Prof. Dr. Leandro Lopes de Magalhães
Coorientação de: Prof.ª Dr.ª Darlen Cardoso de Carvalho
Trabalho de Conclusão de Curso apresentado ao Centro Universitário Fibra, como requisito parcial para obtenção do título de Bacharel em Farmácia
RESUMO
A leucemia linfoblástica aguda de células B (LLA-B) é o câncer juvenil mais incidente e uma das principais causas de morte nessa faixa etária. A discrepância na idade dos pacientes é evidenciada durante o tratamento da LLA-B, em que se observam desfechos ruins e maiores taxas de mortalidade em adolescentes. Alterações genéticas e epigenéticas provavelmente têm um papel crítico nesse desfecho e, portanto, precisam ser melhor compreendidas. O objetivo deste trabalho foi investigar quais genes estão desregulados em pacientes adolescentes com LLA-B, a fim de entender melhor por que eles têm um prognóstico pior prognóstico comparado a faixa etária infantil. Baixamos a expressão gênica e os dados clínicos de pacientes LLA-B presentes no banco de dados do TCGA e os classificamos em crianças (até 11 anos) e adolescentes (de 12 a 19 anos). Em seguida, analisamos a expressão gênica entre esses grupos usando DESeq2 e observamos um total de 1170 genes diferencialmente expressos (DEG - valor de p ajustado < 0,05 e |log2FoldChange| ≥ 0,5), sendo 549 hiperexpressos e 621 hipoexpressos. A fim de entender quais vias biológicas esses genes estavam envolvidos, realizamos análise de enriquecimento funcional (FEA) separada em genes regulados para cima e para baixo usando "Processos Biológicos" definidos no banco de dados Gene Ontology. Os genes hiperexpressos (como CLCF1, CCR2, IL18, IL10, FADD, GATA3, CD226 e CD274) enriquecidos em vias relevantes para tumores hematológicos, incluindo regulação positiva da ativação/proliferação de leucócitos, adesão/proliferação de células de leucócitos e regulação da resposta imune à célula tumoral. Os genes hipoexpressos (como WNT5A, CDH2, KLF15, ERBB4, FGFR2, FOXA1) enriquecidos em vias incluindo vias de sinalização WNT e NOTCH, diferenciação de células-tronco e crescimento celular. Em seguida, analisamos a expressão gênica em pacientes adolescentes considerando a evolução do estado vital após o seguimento (Alive x Dead) a fim de identificar genes associados a um mau prognóstico nesses pacientes. Observamos um total de 473°G, sendo 307 hiperexpressos e 166 hipoexpresso. Quando realizamos FEA considerando esses dados, foi possível observar que os genes upregulated enriquecidos para vias relacionadas à adesão célula-substrato, ossificação, organização da matriz extracelular e proliferação de células B, sendo GREM1, ITGAV, COL4A2, COL1A1, NELL1 genes chave . Genes infrarregulados enriquecidos para vias relacionadas a vias de sinalização mediadas por citocinas, regulação da hematopoiese e diferenciação leucocitária, resposta ao interferon tipo I e regulação negativa da resposta de defesa, sendo genes chave IFNA2, IFNB1, OAS1, IFI27, VNN1. Além disso, realizamos análise de sobrevivência de Kaplan-Meier em adolescentes de acordo com a expressão de genes regulados para cima e para baixo. Pacientes com maior expressão de GREM1, COL4A2 e NELL1 e menor expressão de IFNA2, IFI27 e VNN1 tiveram pior resultado (p=0,0068, p=0,013 ep=0,00029, p=0,0055, p=0,037 ep=0,03, respectivamente). Nossos resultados mostraram que vários genes estão desregulados em adolescentes B-ALL, muitos deles atuando em importantes vias que contribuem para a progressão/agressividade do câncer, hematopoiese e resposta imune. Além disso, observamos que GREM1, COL4A2, NELL1, IFNA2, IFI27 e VNN1 são bons candidatos a biomarcadores e/ou novos alvos terapêuticos personalizados de LLA-B.